А ты точно вирусолог?

[Teacher]

2 вопроса:

Где сделать пцр? 

Сколько ждать результата? 

[Че Гевара 2]

5 минут назад, Teacher сказал(а) :

2 вопроса:

Где сделать пцр? 

Сколько ждать результата? 

Медлабэкспресс, если на дом 2510р., в лаборатории 1700р. по записи. Ответ через 10-12 часов. МСЧ АВИСМА 1000р. без записи, в порядке очереди, ответ через сутки. КДЛ тоже 1700р. после 15.00., ответ через сутки.

Ну, и бесплатный вариант:  признаки ОРВИ с контактом, даже приедут домой, ответ через трое суток (если +) или даже на следующий день (если -).

Изменено 8 августа, 2021 пользователем Че Гевара 2

[argonaut]

[surger1984]

Немного о вариабельности SARS-CoV-2 (ч.I)

а сегодняшний день применяется не менее четырёх способов классификации вариантов SARS-CoV-2 (или hCoV-19). Проще всего с непривычки запутаться в ветвях филогенетического дерева (кладах), по-разному обозначаемых двумя конкурирующими организациями – GISAID (gisaid.org) и Nextstrain (nextstrain.org). Лавинообразное нарастание количества вариантов вируса усложняет восприятие и понимание подобных обозначений, поэтому деление на клады постепенно вытесняется делением на линии, обозначенным как PANGOLIN (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages). Для такого деления используется секвенирование вирусных геномов и построение их полного филогенетического дерева.

https://www.eurosurveillance.org/content/figure/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410.f1

Кроме того, 31 мая Всемирная организация здравоохранения присвоила ключевым вариантам SARS-CoV-2 простые, легко произносимые и запоминающиеся обозначения с использованием букв греческого алфавита (Альфа, Бета, Гамма, Дельта и т.д.). Некоторые такие варианты имеют и «географические» названия, соответствующие странам их происхождения (Альфа – британский, Бета – южноафриканский, Гамма – бразильский, Дельта – индийский, Лямбда – перуанский, и т.д.), но первоисточники некоторых вариантов вируса неизвестны, а Бразилия стала прародительницей уже двух вариантов – Гамма и Зета. Поэтому географические названия фигурируют в основном в сообщениях СМИ.

Ещё варианты вируса группируют по степени опасности их распространения. Наиболее опасные обозначают сокращением VOC (Variants of Concern, т.е. вызывающие наибольшую обеспокоенность). Во вторую группу попали «варианты интереса» - VOI (Variants of Interest). Третья группа - это «варианты тревоги» (Alerts for Further Monitoring). Но это по классификации ВОЗ (WHO) и европейского агентства ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control). В США (в CDC) последнюю группу обозначают как VOHC (Variants of High Consequence).

Четвёрку наиболее опасных и распространённых вариантов вируса (VOC) образуют Альфа (британский), Бета (южноафриканский), Гамма (бразильский) и Дельта (индийский). Что касается исходного штамма («китайского»), то он в этой классификации не фигурирует, поскольку его геном считается референсным.

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Четырём менее распространённым вариантам, образующим группу VOI, также присвоены буквенные (греческие) обозначения (Эта, Йота, Каппа и Лямбда).

Недавно в группу VOI входили ещё варианты Эпсилон (B.1.427/B.1.429), Зета (P.2) и Тета (P.3), но сравнительно слабое распространение позволило переместить их в группу аутсайдеров (VOHC или Alerts for Further Monitoring) и лишить греческих обозначений.

Из-за нестабильности эпидобстановки списки вариантов в этих группах корректируется ежемесячно. И особенно часто – в группе «третьесортных» возбудителей COVID-19 .

Идентифицируют варианты вируса при помощи полногеномного секвенирования, проводимого методами NGS (Next Generation Sequencing). Хотя в России для этих целей иногда пытаются использовать секвенирование по Сэнгеру (капиллярное). Счётчик, показывающий общее количество секвенированных геномов и их распределение по странам, имеется на главной странице сайта CNCB (China National Center for Bioinformation) Китайской академии наук.

К началу августа в базе данных GISAID (с ограниченным доступом) насчитывалось уже больше двух с половиной миллионов записей геномных последовательностей SARS-CoV-2. В базе данных NCBI (с открытым доступом) содержалось 1,057,233 нуклеотидных последовательностей вируса. В том числе 29 полных геномов – из России (к 07.08.2021). На страничке российского проекта VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia) 7 августа было указано, что в этой базе данных Роспотребнадзора числится 21623 нуклеотидных последовательностей – 11,498 полных геномов и 10,125 их фрагментов.

Регулярное секвенирование вариантов SARS-CoV-2 стало незаменимым способом мониторинга эпидобстановки во многих странах. В наиболее наглядном виде результаты такого мониторинга представлены на сайте CoVariants (https://covariants.org/), разработанном командой Эммы Ходкрофт из швейцарского Института социальной и превентивной медицины Университета Берна совместно с Институтом биоинформатики (SIB Swiss Insitute of Bioinformatics, Switzerland). На этом сайте можно найти краткие описания свойств наиболее интересных мутаций и вариантов, а также множество интерактивных графиков, демонстрирующих динамику распространения вариантов вируса как в отдельных странах, так и в их регионах. Правда, региональные данные там представлены только для США (по штатам) и для Швейцарии (по кантонам, поделённым на 6 регионов).

Общая тенденция вполне очевидна – к августу в большинстве стран основным стал вариант Дельта. Даже в ЮАР, в которой совсем недавно господствовал вариант Бета. Исключениями являются некоторые страны Южной и Центральной Америки, в которых основными пока остаются их «родные» южноамериканские варианты (Бразилия - Гамма, Перу – Лямбда, Чили – Гамма + Лямбда). Но, скорее всего, и они скоро будут вытеснены более контагиозным индийским возбудителем COVID-19. Начальную стадию этого процесса можно увидеть на бразильском графике. А завершающую – на графике США, где варианты Гамма и Лямбда ещё пару месяцев назад встречались довольно часто.

В России вариант Дельта стал причиной третьей волны эпидемии COVID-19. В первой половине июля из 244 секвенированных вирусных геномов 242 были идентифицированы как Дельта, один – как Альфа, и только один относился к прочим вариантам, которые преобладали в начале эпидемии.

Для построения этого графика швейцарцы использовали данные из GISAID и NCBI. Более подробную картину, по-видимому, может дать отечественная база данных VGARus, но доступ к ней предоставляется только учреждениям Роспотребнадзора. А открытая для просмотра карта распределения вариантов вируса абсолютно неинформативна: https://genome.crie.ru/app/index

Открытый доступ к геномным последовательностям SARS-CoV-2 имеется на сайте Национального центра биотехнологической информации США (NCBI Virus (nih.gov)). Точнее – на странице GenBank, созданной специально для поиска, анализа и скачивания из этой базы данных содержащихся в ней нуклеотидных последовательностей вариантов этого вируса. Меню в левой колонке позволяет определить характер последовательности (полная или неполная), страну её происхождения и линию по классификации PANGO. На правой панели при этом отображается список последних записей в GenBank, в котором можно выбрать конкретную запись и скачать её содержимое в удобном для анализа формате. А если запись хорошо аннотирована, то можно скопировать последовательности отдельных генов вируса. Например, гена S, отвечающего за синтез спайк-белка. Или просто получить идентификационные номера нуклеотидных последовательностей генов и геномов для их последующего анализа.

Располагая такой информацией можно сравнить варианты между собой и найти наиболее вариабельные участки вирусного генома («горячие точки» эволюции), изменение которых улучшает его связывание с рецептором, повышает контагиозность и/или придаёт способность преодолевать иммунитет.

Сравнительный анализ подобного рода проводился неоднократно, причём не только с тысячами нуклеотидных последовательностей вариантов SARS-CoV-2, но и с геномами его ближайших родственников (первого SARS, ближневосточного MERS и некоторых коронавирусов летучих мышей). И уже известно, что чаще всего мутации происходят в гене S, кодирующем спайк-белок, доменная структура которого описана во многих статьях. Рисунок с координатами его доменов (и субдоменов) можно найти, например, здесь.

При наличии нуклеотидных последовательностей разных вариантов вируса можно посмотреть локализацию мутаций в гене S. Например, при помощи программы NUCLON.

 

а этом графике видно, что мутации сконцентрированы в основном в трёх зонах - в NTD (N-terminal domain), в RBD (Receptor binding domain) и в районе фуринового сайта расщепления белка (680-685), что может указывать на ускоренную эволюцию этих участков вирусного генома. И на эпитопы белка S, антитела к которым обладают иммунопротективными свойствами. Хотя появление некоторых мутаций может быть обусловлено и другими причинами.

Для надёжного определения причин появления мутаций и более точного определения границ иммунопротективных эпитопов имеющейся информации ещё недостаточно. Но это замечательно, поскольку свидетельствует о высокой консервативности вирусного генома. И о том, что борьба с ним ещё не проиграна.

Если «присмотреться» к двум вариантам, которые внесли наибольший вклад в две последние волны COVID-19 в России (Альфа и Дельта), то можно обнаружить в спектре их мутаций некоторые интересные особенности.

У варианта Альфа в богатом иммунопротективными эпитопами N-терминальном домене (NTD) находится две небольшие делеции (H69-V70, Y144). У варианта Дельта на этом участке белка находятся три аминокислотные замены и одна делеция (T19R, K77T, G142D, E156-F157-R158). В рецептор-связывающем домене (RBD) каждый вариант имеет по две мутации (Альфа – N501Y и A570D; Дельта – L452R и T478K). Причем одинаковые мутации отсутствуют, и только две пары мутаций расположены достаточно близко, чтобы принадлежать к общим эпитопам. Одну пару образуют делеция H69-V70 (Альфа) и замена K77T (Дельта). Вторую – делеция Y144 (Альфа) и замена G142D (Дельта).

Отсюда можно сделать два простых вывода:

1. Вакцины на основе S-белка из референсного варианта вируса (Спутник V и КовиВак) должны защищать от вариантов Альфа и Дельта, хотя и с меньшей эффективностью.

2. Естественный иммунитет у переболевших вариантом Альфа будет защищать от заражения вариантом Дельта намного хуже вакцинации.

Эти выводы не более чем подтверждают уже известные истины, но получены не эпидемиологами и паталогоанатомами в результате многочисленных наблюдений за пациентами, а простым анализом вариабельности вирусного белка S.

11.08.2021 г.

Источник https://habr.com/ru/post/572490/

[argonaut]

 

[Караванщик Али]

[Павел]

[Караванщик Али]

[Teacher]

Так, вопрос к знатокам:

Как официально не переболевшему получить прививку Лайт? 

И ещё вот такая ситуация:

(Как вы думаете пойдет развитие событий?) 

Собралась устраиваться в школу.  Им нужен учитель. Но, вроде как, надо сделать прививку, иначе не возьмут. 

Завтра пойду в школу. Какие ваши варианты: примут или не привут на работу?! ) )))) 

Или не будут портить мной статистику по непривитым?! 

[Д. Руми]

Примут без вопросов. Потом уже будут мозг выедать.

[Д. Руми]

У нас директива пришла всем бюджетникам до 15.09. провакцинироваться хотя бы 1 раз. Записывают через администрацию на Соду. Всех отказников грозят после этого срока не допустить до работы.

[Лерика"]

1 час назад, Д. Руми сказал(а) :

Записывают через администрацию на Соду.

 это у вас организовано. 

 

[Д. Руми]

у вас это у ково

Изменено 24 августа, 2021 пользователем Д. Руми

[Teacher]

8 часов назад, Д. Руми сказал(а) :

Примут без вопросов. Потом уже будут мозг выедать.

Угадал. Приняли. 

[ЭлектроНик]

 
Проздравляю !

[Гыгы]

2 часа назад, Teacher сказал(а) :

Угадал. Приняли. 

 

11 часов назад, Д. Руми сказал(а) :

Примут без вопросов. Потом уже будут мозг выедать.

[Караванщик Али]

[Akon]

 

[Павел]

Нёгров на "тожероссиян" надо поменять, для аутентичности)))))))))))))))))))))))))

Хотя, если верить википедии:

Цитата

Доклинические испытания рекомбинантной вакцины на токсичность, безопасность, иммуногенность и защитную эффективность на крупных и мелких животных были проведены на базе 48 ЦНИИ МО РФ. Испытания проводились на двух видах чувствительных млекопитающих: на золотистых сирийских хомячках и двух видах приматов.

Про конкретные виды Вика умалчивает...

Изменено 29 августа, 2021 пользователем Павел

[surger1984]

Цитата

Вот уже несколько дней на тематических сайтах встречаются сообщения русскоязычных израильтян: думаем пересидеть это непростое время в Черногории (России, Болгарии и т.д.), навсегда покидать родину, конечно, не планируем, Израиль обожаем, но жить здесь стало невозможно. Дело в коронавирусе и вакцинации, масштабами которой так гордился Израиль.

В последние месяцы ситуация на Земле Обетованной действительно оставляет желать лучшего. Общество накалено до предела. Требование властей после второй дозы вакцины непременно сделать третью, которая уж точно сработает, как обещает премьер-министр Израиля Нафтали Беннетт, выглядит как минимум неубедительным.

Введение зеленых паспортов, вакцинация школьников прямо в стенах учебных заведений, подготовка к вакцинации детей от 5 лет, необходимость в ревакцинации взрослых при огромном росте заболеваемости именно среди привитых, что отнюдь не скрывается, замена привычного и действующего 72 часа ПЦР-теста на антиген-тест, действительный всего сутки… Многие израильтяне не понимают, что происходит, тревожность зашкаливает, и их, если честно, можно понять.

С 30 августа из-за угрозы жизни личная охрана предоставлена министру просвещения госпоже Ифат Шаше-Битон. Она выступает против размещения пунктов вакцинации в учебных заведениях страны, на чем категорически настаивает глава кабмина.

По подозрению арестован житель Тель-Авива Рафаэль Коэн, ему предъявили обвинение, что он угрожал Ифат Шаше-Битон из-за ее политики в отношении вакцинации. Угроза была воспринята как вполне реальная, так как недавно был убит советник министра Сахар Исмаил, чиновника застрелили в израильско-арабском городе Рамехе на севере Израиля.

Хотя подозреваемый и задержан, саму даму с сегодняшнего дня все равно тщательно охраняют. Предполагается, что у Коэна могут быть сторонники в интернете, так как он состоял в одной из тематических групп по прививкам.

Непримиримая позиция министра просвещения по вакцинации как минимум заслуживает уважения, ибо она напрямую схлестнулась с премьер-министром (кстати, ранее занимавшем пост министра образования).

Ифат Шаша-Битон заявила, что не будет размещать в школах пункты вакцинации и использовать школьные часы для того, чтобы вакцинировать детей — так как дети и без того испытывают большой стресс после полутора лет пандемии. После этих слов ее непосредственный начальник Нафтали Беннет, как пишут израильские СМИ, начал «кричать и стучать по столу».

«Вы должны быть теми, кто возглавляет кампанию вакцинации молодежи, но вы ничего не делаете!» — заявил Беннет. Глава кабмина потребовал от других сотрудников аппарата, чтобы они взяли на себя ответственность за проведение вакцинации в школах.

Через несколько дней после этого совещания на повышенных тонах чиновнице и начали поступать угрозы убийства. Сообщение об этом было размещено в интернете: «Это последнее предупреждение министру образования Ифат Шаше-Битон до того, как ее семья пострадает. Твой советник, которого убили, когда он выходил из дома – последнее предупреждение. Обрати внимание, мы не просто говорим, мы уничтожаем людей, мы убиваем их».

63-летнего Рафаэля Коэна нашли очень быстро, так как он выходил в Сеть с личного аккаунта. Ему уже предъявлено обвинение в окружном суде Петах-Тиквы. Причём защитник подозреваемого заявил, что никогда прежде Коэн не нарушал закон и вообще был нормальный человек.

Такое впечатление, что законопослушные граждане ведут себя столь неадекватно, потому что и сами власти Израиля находятся в некоторой растерянности, куда двигаться дальше, из-за этого любое их решение, если его послушать со стороны, выглядит противоречиво и нелогично.

Так, оценка «Пфайзера», проведённая Минздравом Израиля ещё в июне, свидетельствует о том, что эффективность этой прививки в профилактике инфицирования штаммом «Дельта» упала до 39%. Поэтому, по мнению чиновников, надо прививаться им снова и снова.

По данным СМИ, из 279 недавно заразившихся возрастной группы 60+ 250 человек оказались полностью привиты, 29 не привиты или привиты частично. Как сообщило местное телевидение, доля привитых заболевших сегодня составляет 94%, не привитых заболевших 6%.

При этом вывод, который сделали журналисты, сославшись на внутренний документ Центра по контролю и профилактике заболеваний США, опубликованный в «Нью-Йорк Таймс», не менее удивительный, чем заявление израильского премьера: «У группы 60+ почти нет разницы — заболеть естественным путём или заразиться после вакцинации. Это исправит третья доза».

Исходя из того, что происходит, многие приходят к мысли, что привитый, находившийся в контакте с заражённым, не должен быть освобожден от карантина и проверки, как это делается сегодня. Но общественную дискуссию на эту тему стараются не педалировать, дабы «ещё сильнее не демотивировать вакцинировавшихся».

«Как это ни парадоксально, теперь самая уязвимая публика — это те, кто сделал две прививки, но ещё не сделал третью. Почему? Потому что они ходят с чувством, что якобы защищены, — утверждает премьер-министр Нафтали Беннет. — Они не понимают, что вторая прививка сошла на нет из-за «Дельты» и необходимо быстро привиться третьей… А до тех пор надо остерегаться пуще прежнего».

В соцсетях простые жители, выходцы из России, уже упражняются в остроумии по этому поводу: «2025 год. Теперь самая уязвимая публика, как это ни парадоксально, это те, кто привился 17 раз. Штамм "Омега-8" свел на нет действие предыдущих вакцин».

«Вы шутите, но многие мои знакомые воспринимают все абсолютно серьезно. Сегодня донёс информацию о новом бустере своим коллегам по работе, которые уже сделали себе две прививки, и был поражён их желанием немедленно бежать делать третью, а если понадобится, и четвёртую… Причём никаких убедительных доводов, что те помогут, они не приводят», — удивляется Вадим из Тель-Авива.

«У меня друзья в Израиле, они – как тепличные растения, у них очень большое доверие политикам, чиновникам, медицине, они, безусловно, верят, что власти хотят как лучше, поэтому для них непонятной кажется как раз позиция россиян в этом вопросе», — объясняет в том же интернет-чате Оксана из Москвы.

Многие израильтяне настроены пессимистично. Но, конечно, покидать свою страну, даже временно, — это не выход, считает большинство.

«Куда бежать-то? Везде одно и то же. Просто Россия такая большая, что здесь очень долго будут всех отлавливать. Можно спрятаться в тайге или в тундре», — ничуть не шутит моя собеседница Ольга, врач по профессии, в начале лета потерявшая работу из-за своей позиции по вакцинации.

Статистика заражения в Израиле в последние недели колеблется от 5 до 12 тысяч заражённых в день. Население страны составляет 9,3 миллиона человек, из которых вакцинировано хотя бы одной дозой 63,93%.

Сейчас генеральная прокуратура Израиля готовит приказ об обходе позиции министерства просвещения по поводу вакцинации детей в школах. Их будут прививать даже в часы занятий.

https://www.mk.ru/social/2021/08/30/izrail-popal-v-krug-beskonechnykh-privivok-ot-koronavirusa-rano-likovali.html

[jimm031]

МК - жёлтая антиваксерская газетёнка.

[dpi]

В 01.08.2021 в 15:13, surger1984 сказал:

 

На это что? Что в ответ?

И что? Это что оправдание, что над каждым в РФ можно по приказу (преступному) после смерти надругаться? 

 

 

Ихъ ересь хуже всѣхъ...

[dpi]

Допустили одно, значит допустили и следующее.

И вот вам уже презумпция согласия на пос.. (от трупов органы не нужны) донорство. А так же на посмертное потрошение.. 

А там и эвтаназию узаконят.
Жижой уже принудительно хотят обкалывать..
 

Изменено 2 сентября, 2021 пользователем alngg342

[dpi]

 

[surger1984]

5 часов назад, jimm031 сказал:

МК - жёлтая антиваксерская газетёнка.

Можешь и изральские СМИ почитать.

https://www.newsru.co.il/health/02sep2021/corona_il_106.html